三巴旺温泉历史悠久，据国家图书馆的网上资料库Singapore Infopedia，新加坡市政园林管理员古德尔（W.A.B. Goodall）1908年发现三巴旺温泉。
当时，那块地属于商人佘永恭，他看到温泉的潜在商机，把泉水样本送到欧洲化验，结果显示泉水可让人安全饮用。佘永恭于是成立新加坡自然矿物质温泉公司（后来改名为新加坡温泉有限公司），将泉水装瓶，以“Zombun”品牌出售。
1921年，公司被花莎尼集团（Fraser & Neave，现为星狮集团）收购，之后以各种配方调配出不同的泉水饮料，推出“Zom”和“Vichy Water”等品牌销售。
日军占领新加坡时期，日本人在温泉周围建盖澡堂，使温泉成为日军的休闲去处。1967年，花莎尼建造新的装瓶厂，也曾计划兴建一家水疗中心，但最终没有实现。
1985年，政府以军事用途为由征用那块土地，但国防部允许花莎尼使用地下水管汲取泉水。1990年代，花莎尼停止汲取泉水。
2016年以后，三巴旺温泉由国家公园局接手管理，公园局将它重新发展成三巴旺温泉公园，今年初重新开放给公众使用。
