南中国海国际仲裁结果催化了中国立场，让日本感到矛盾。日本有消息指出，日本当局对南中国海仲裁一概不承认存有余悸，担心这会让它一直作为为大陆架据点的“冲之鸟岛”站不住脚。
冲之鸟岛（Okinotorishima atoll，中国称冲鸟礁）位处西太平洋海域，在日本最南端，面积只有10.5平方米，即三个榻榻米大。日本《读卖新闻》指出，南中国海仲裁的判决对该海域的南沙群岛一概不承认是“岛”，那么这一见解延伸为日本以及邻国争议海权的祸根。中国方面一直就不承认冲之鸟岛，认为它只是岩石。
日本一名官员在南中国海裁决之后流露出了不安，“不排除有国家要用这点提交国际仲裁的可能性，这是一个严峻课题。”报道强调，冲之鸟岛极为重要，因为它的存在让日本拥有了比国土更大的海域，而且控制海底丰富的资源。
《日本经济新闻》的文章也认为，冲之鸟岛会是中日之间一个新的火种。它认为，中国及台湾对冲之鸟岛周围的经济海域归日本有异议，担心中台会联合起来提出诉讼。
另一方面，昨日有消息说，借鉴这次仲裁判决，日本自民党内提议先采取行动，针对东海油田课题提交国际仲裁。产经报道透露了自民党是在今年3月份，就已决定了要以海洋法为基础，针对东海油田问题进行国际诉讼。该党做出的建议，指出不能对中国手软，要持有“毅然对应”之态。
日本经济新闻昨日指出，在东海问题上，日本当局除警戒中国的海洋活动外，也不满中国在“日中中间线”周围钻油。在油田问题上，日本主张的“日中中间线”不为中国所承认。日本当局之前的报告还指出，中国在这一中间线周围建了16个钻油设备。
有关建议也同时要求日本当局敦促中国尽快与日本重启东海油田的谈判。中日之间是在岛屿主权纷争升温的2012年以后中断了会谈。
它认为，南中国海仲裁或成为中日之间解决东海油田问题的一个界线，双方可以重启商议，采取“共同开发”解决问题。
日经也认为，国际舆论也并非都与中国作对。首相安倍原打算在仲裁结束之后，以七大工业国议长身份鼓动其他成员国针对中国的海洋行动发出一份声明。但是，基于一些成员国的反对，日本只好作罢。