独派的独立公投主张无疑使身兼民进党主席的台湾总统蔡英文陷入两难。
统派学者台湾大学政治系荣誉教授张麟征接受《联合早报》访问时说，对独派而言，民进党目前全面执政，掌握行政和立法权：“此时不推独立公投，更待何时？”但蔡英文执政后“知道有一些红线是绝对不能碰触的，像入联、独立公投，是北京绝对不会容忍的。”张麟征说：“大陆的《反分裂国家法》已经摆在那儿，要是台湾触犯了哪个条件，那对岸就可以采取非和平方式来解决。”
张麟征认为，美国当局也不会坐视，允许两岸任何一方单方面改变现状、升高紧张情势。她说：“蔡英文面对的是内外夹击，里头受到李登辉、辜宽敏这些深绿独派的挤压，外面则有美国的压力，大陆的威胁更是不在话下，所以蔡英文会很难熬。”
本身参与喜乐岛联盟连署行动的东华大学教授施正锋受访时则指出，公投法不久前才完成修法，“当中很多施行细节还没确定，独立公投能否举行其实存在很多角力空间”。他认为，民进党政府很可能通过“技术性阻挡”，阻止公投进行，但“如果年底选举崩盘，民进党可能会分裂，到时谁当党主席还不知道，那这些本土派就会有被拉拢的空间”。
然而，在张麟征看来，“这个情势发展对统是有利的”。她说：“独立公投可能成案，到时大家会仔细思考公投的风险。以今天台湾民意来看，如果台独是要抛头颅洒热血，我想大部分民众会撤退。”
根据政治大学选举研究中心今年初针对台湾民众统独立场公布的趋势数据，去年偏向独立的民众达17.2％，较前年下滑1.1个百分点，偏向统一者则占10.3％，增加8.5个百分点。带有模糊空间的“维持现状再决定”虽连续第三年下滑，但仍是台湾目前最大公约数，占33.2％；形同事实独立的“永远维持现状”支持者也减至25.1％。
