疏漏：南洋工院理事与该学院附属单位有关联利益，却在资助该单位事宜上参与检讨与决策过程。
除了国大和南大，南洋理工学院因管理公共款项上出现疏失，也在报告中被审计总长点名。
报告指出，南洋工院的理事与该学院的另一附属单位“南洋工院国际私人有限公司”（NYP International Pte Ltd，简称NYPi）有关联利益，但却在资助该单位的事宜上参与了检讨与决策过程，所提供给这个单位的资助也超出了政府指定范围，当中隐性补贴与额外资助从2007年至去年3月达838万元。
教育部回应时说，NYPi是南洋工院的独资子公司，其董事也是南洋工院董事和职员，他们没收取额外董事费，该单位的盈利也全数归工院所有，并没有涉及任何个人利益。
尽管如此，教育部承认推行妥当治理框架的重要性，已指示该工院立即采取必要的行动。
南洋工院回应时也透露，正在推行一套治理框架，包括要求可能涉及利益冲突的董事不参与NYPi的决策过程。
此外，NYPi从今年4月起已是自给自足，工院已停止提供津贴，也不再接受NYPi的捐款；之前南洋工院教育基金所接受的254万元捐款，也会全数退回给NYPi。该工院也开始以市场租金率向NYPi收取使用校园设施的费用。
