台湾教育部长吴茂昆上任以来争议不断，国民党立法院党团今天举行记者会指出，吴茂昆尚未就任就被爆于担任东华大学校长期间溢领奖助金、赴大陆中国科学院担任顾问，甚至在担任校长期间赴美设立公司，擅自将属于东华大学的专利权申请为该美国公司之专利。吴茂昆违法事证明确，应该兑现承诺立即下台。
据中时电子报报道，曾任美国执业律师的蓝委蒋万安表示，吴茂昆2012年2月至2016年1月间担任东华大学校长，却于2015年8月在美国成立师沛恩公司，并为该公司之“成员”(member)。依据美国加州法律，有限责任公司（LLC）之成员即为“股东”，因此吴茂昆已明显违反《公务员服务法》第十三条，不得经营商业或投机事业之规定。
蒋万安并说，吴茂昆2015年9月2日将东华大学之专利权（申请号：TW104107161）以美国公司名义申请国际专利（PCT），进而申请包括美国、日本、中国大陆、欧盟等各国专利，对此东华大学明确表示“校方不知情”，吴茂昆4月23日声明“如果专利申请到了，这个专利的成果，是一定要再回到学校的”。 但吴茂昆不仅未依实务上惯例，在递交PCT申请书同时写明专利受让人为东华大学，甚至另外签署一份“专利转让书”，将该专利权转让给其所设立的美国公司Spiranthes Biotech, LLC，而非国立东华大学，戳破“申请到的专利将移转回校方”的说法。
另外，蒋万安也提到，吴茂昆日前辩称其以美国公司名义于2015年9月所申请的国际专利（PCT）及之后于2017年7月申请的美国专利，为绶草专利 “2.0版”，非属东华大学所有。但调阅相关文件发现，该绶草专利“2.0版”在台湾的专利权人为国立东华大学，且该专利是吴茂昆担任东华大学校长时所申请，因此所谓专利“2.0版”实为东华大学所有。
国民党团认为，吴茂昆身为台湾未来教育大政擘画和推动的首长，对于擅将东华大学专利以私人公司名义申请他国专利并移至公司名下，一直不愿诚实面对，要如何成为台湾各级学校校长、老师、甚至所有学子的榜样？吴茂昆违法侵权事证明确，应该立即下台。