对于有报道指西九龙站设有神秘B5楼层，可供内部职员通往所有月台，港铁发言人回应指，“B5层”是指香港西九龙站B4月台层之下的后勤通道，只供支援车站维修及作为消防紧急通道使用。


《星岛日报》报道，港铁发言人解释B5楼层不属内地口岸区范围，由港铁公司作为高铁香港段营运商负责管理，亦并非乘客使用的区域。由于该通道在B4层之下，因此标示为B5层。