台湾行政院版《两岸条例》增订第五条之三条文草案，明定主权国家地位与自由民主宪政秩序不得作为政治议题谈判及协议项目，而此规定是否完全关闭两岸未来政治关系安排的可能性？陆委会主委陈明通表示，只要不涉及消灭台湾主权地位或自由民主宪政秩序，其实还是有许多可能性，例如欧盟模式、独立国协模式，或建交成为更紧密的盟邦，如“兄弟之邦”等，如何而可能，有赖大家发挥集体智慧去创造，并寻求社会的共识。
据《自由时报》消息，台湾立院内政委员会今审查“台湾地区与大陆地区人民关系条例增订第五条之三条文草案”，陈明通指出，司法院释字第四九九号解释已明白指出，自由民主宪政秩序是宪法赖以存立之基础，只要是宪法设置的机关，都有义务必须遵守，就算是修宪也有界限。
陈明通表示，修正草案就是参照这个意旨，规定“主权国家地位与自由民主宪政秩序之毁弃或变更，不应作为两岸政治议题谈判及协议之项目”。换言之，这类议题是两岸政治谈判的“禁区”，行政部门不可以提出来与对岸进行协商谈判。
陈明通强调，“主权”是国家的基础，是国家对于管辖区域所具有的排他性政治权力，内涵包括对内的立法权、司法权、行政权，以及对外的外交权及军事权等。至于各个国家在国际组织的谈判（例如欧盟、WTO），针对关税、货币等事项做出让步或限缩，像是加入关税协定、发行单一货币等，都是国家基於主权地位行使主权的行为，并没有割让或放弃主权，国家仍保留自由加入或退出的权力。因此，不应该将“国家主权”与“国家行使主权的行为”混为一谈。
对于上述修法，陈明通强调，是在确保中华民国主权及中华民国宪法所楬橥的自由民主宪政秩序，并不会完全关闭两岸未来政治关系安排的可能性。